در تعداد زیادی از بیماران مبتلا به کمر درد ناهنجاری های مادرزادی مهره های کمری وجود دارد. این ناهنجاری ها گاه در رادیو گرافی افرادی که هیچ گونه شکایتی از کمردرد ندارند دیده می شود. سؤالی که مطرح می شود اینکه، آیا این تغییرات مادرزادی باعث کمردرد می گردند؟
مطالعات انجام شده در این افراد نشان داده است که ستون فقرات این افراد از پایداری کمتری برخوردار بوده و در اثر فشارهای نادرست وارده به ستون فقرات، به مراتب بیشتر از افراد عادی دچار کمردرد می گردند. در زیر به ذکر شایعترین ناهنجاریهای مادرزای مهره های کمر که باعث کمردرد می گردند، می پردازیم.
الف) ساکرالیزاسیون آخرین مهره کمری (Sacralization of the Last Lumbar Vertebra)
ب) جوش نخوردن تیغه مهره ای به یکدیگر (Spina Bifida Occulta)
ج) وجود یک مهره کمری اضافی و یا کمبود آن
د) عیوب ایسم مهره ای (Isthmus Defect)
هـ)لغزش مهره یا اسپوندیلولیستزیس (Spondylolysthesis)